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由于工業化進程的加速，氮、磷的污染問題日益尖銳化。越來越多的國家地區制定了更為嚴格的污水氮、磷的排放標準，尤其是氮的考核內容也從單一的氨氮指標發展到總氮(氨態氮、硝態氦和有機氮的總和)的考核指標。近年來一些新理論提出，使污水脫氮實現短程硝化反硝化，這樣不僅可以提高細菌的增長速度、縮短反應進程，從而減少反應容積，而且同時減少硝化的曝氣量和反硝化有機物的投加量，減少運行費用。
一、短程硝化機理
污水生物脫氮，一般由硝化和反硝化兩個過程完成，而硝化過程分為氨氧化階段和亞硝酸鹽氧化階段。這兩個階段分別由氨氧化菌(AOB)和亞硝酸鹽氧化菌(NOB)獨立催化完成。第一階段是在AOB的作用下，將氨氮氧化為亞硝態氮；而第二階段是在NOB的作用下，將亞硝態氮氧化為硝態氮。由于硝化反應是由兩類生理特性完全不同的細菌獨立催化完成的不同反應，所以需要通過適當控制條件，可以將硝化反應控制在亞硝態氮階段，阻止亞硝態氮的進一步氧化，隨后直接進行反硝化，這就是短程硝化反硝化的作用機理。
二、短程硝化的優點
三、短程硝化過程中的影響因子
生物脫氮的硝化過程是由AOB和NOB共同完成的；AOB的真正基質是水溶液中的游離氨，而NOB的真正基質是水溶液中的游離亞硝酸；AOB和NOB的生長還受到溫度、pH值、DO、抑制物等因子影響。
1、溫度
在4～45℃內，氨氧化細菌和硝化細菌均可進行。實驗表明，低溫也可實現短程硝化。在低溫時，亞硝酸鹽氧化菌利用氨氮的能力大于硝化細菌利用NO2-N的能力，從而造成NO2―的累積。所以，短程硝化反應器需要在較高溫度的季節啟動，緩慢降溫，使AOB漸漸適應低溫環境，保證氨氧化效果；在適宜的條件下實現短程硝化，同時通過實時控制使其穩定并優化污泥種群結構，進而在低溫條件下維持短程硝化。要解決實際應用低溫的問題，還需要尋找出適應北方低溫的氨氧化細菌的菌株來。
2、DO濃度
DO濃度是AOB和NOB生長的重要影響因素之一，AOB和NOB的氧飽和常數分別為0.3和1.1mg/L。對DO的控制實現短程硝化是將該技術應用于實際的一種較為理想的方法，它比較適合作為未來實際工程的控制參數，因為控制好曝氣量、曝氣頻率以及曝氣方式，就可較好地實現短程硝化。
在生物膜反應器中，當DO的濃度控制在0.5mg/L以下時，就可以使出水中亞硝酸氮占總硝態氮的90%以上。
而使用間歇曝氣，階段曝氣等方法，來改變曝氣方式以及曝氣頻率也可實現短程硝化。這些方法的共同點是使反應器內的DO值按一定規律周期性地升高降低，指示在一段時間內反應器處于厭氧狀態。
3、FA及FNA的影響
實驗表明，FA對NOB和AOB產生抑制作用的濃度分別為0.1～1.1mg/L和10～15mg/L。而最新研究結果表明，FA濃度達到6mg/L 時可完全抑制NOB的生長；FNA完全抑制NOB和AOB生長的濃度分別為0.02mg/L和0.4 mg/L。因此可以利用FA或FNA的選擇抑制作用使系統中的NOB受到抑制而AOB不受抑制，從而將硝化控制在亞硝化階段；但NOB對FA的抑制具有適應性，若反應器長期運行短程硝化會被破壞。
4、pH值
由于硝酸菌和亞硝酸菌適宜生長的pH值范圍不同，所以可以利用控制pH值的方法實現短程硝化。亞硝酸菌的適宜pH值在7.0～8.5，而硝酸菌的適宜pH值在6.0～7.5。只要將pH值控制在7.5～8.5就可較好地抑制硝酸菌，實現亞硝酸的累積。
pH雖然是實際中較容易控制的，但它也存在一定的缺點。它的缺點是需要pH的實時監控，和相配套的藥劑自動投加設備及攪拌設備，并且藥劑費用也增添了反應器運行費用，這些在一定程度上抵消了短程硝化本身的優勢。
5、SRT
通過SRT的控制是無法實現亞硝酸的積累的，SRT卻是反應器短程硝化穩定運行的重要控制參數。泥齡控制偏低會導致硝酸菌和亞硝酸菌的流失，導致反應器處理能力的降低;泥齡過高會提高硝酸菌的數量，在低負荷下，反應器容易向全程硝化轉化。選擇適宜的SRT值是穩定實現短程硝化的關鍵參數。
6、抑制劑
對硝化反應有抑制作用的物質有：過高質量濃度的游離氨、重金屬、有毒有害物質以及有機物。重金屬會對硝化反應產生抑制，如Ag、Hg、Cr、Zn等，其毒性作用由強到弱；當pH由高到低時，毒性由弱到強.鋅、銅和鉛等重金屬對硝化反應的兩個階段都有抑制，但抑制程度不同。某些有機物如苯胺、鄰甲酚和苯酚等對硝化細菌具有毒害或抑制作用，因為催化硝化反應的酶內含Cu I一Cu II電子對，凡是與酶中的蛋白質競爭Cu或直接嵌入酶結構的有機物，均會對硝化細菌發生抑制作用。這些有機物對硝化菌的抑制作用要比亞硝化菌強，所以會在對含這類物質的污水生物脫氮中產生亞硝酸鹽積累現象。